Nadgoplański Park Tysiąclecia leży we wschodniej Wielkopolsce, stanowiąc najdalej wysunięty na wschód park krajobrazowy w województwie. Według regionalizacji fizyczno-geograficznej Kondrackiego mniej więcej połowa powierzchni parku leży w mezoregionie Pojezierze Gnieźnieńskie, pozostała część znajduje się na Pojezierzu Kujawskim.

W obrębie Pojezierza Gnieźnieńskiego usytuowana jest zachodnia część parku obejmująca ciąg jezior: Skulskie, Skulska Wieś i Czartowo, natomiast do Pojezierza Kujawskiego należą okolice południowo-wschodniego rejonu jeziora Gopło oraz fragment kanału Warta – Gopło. Krajobraz opisywanego obszaru ma charakter młodoglacjalny, a jego najistotniejszy element stanowią obszary wodne i podmokłe.

Najważniejszą rolę odgrywa jezioro Gopło, największy zbiornik wodny na pograniczu Wielkopolski i Kujaw, przez kronikarza Galla Anonima nazwane Mare Polonorum, czyli polskim morzem. W granicach parku znajduje się południowy fragment Gopła, obejmujący 8% powierzchni jeziora.

Stosunkowo dużą powierzchnię na terenie parku, jak na obszar od wieków zdominowany przez rolnictwo, zajmują lasy – zlokalizowane w rejonie Mniszek i Łuszczewa. Obszary podmokłe zazwyczaj związane są ze strefą przybrzeżną jezior. Wzdłuż rozwiniętej linii brzegowej zbiorników wodnych oraz wokół wysp powstały pasy rozległych szuwarów. W licznych rynnach, a także w śródpolnych obniżeniach terenu zachowały się mokradła, często o charakterze torfowisk niskich. Na pozostałym obszarze od setek lat dominuje użytkowanie rolnicze. Największym obszarem zwartej zabudowy na terenie parku jest Skulsk – siedziba władz gminnych. W pobliskich wioskach spotykana jest rozproszona zabudowa zagrodowa oraz stosunkowo liczne obiekty rekreacyjne.

Tereny Nadgopla położone w województwie kujawsko-pomorskim objęto ochroną w postaci siostrzanego odrębnego parku krajobrazowego (z własnymi władzami i służbami), również nazwanego Nadgoplańskim Parkiem Tysiąclecia.